O Ministério da Saúde esclarece que os municípios que se inscreveram no Mais Médicos são proibidos, por força do termo de adesão e compromisso e da portaria interministerial, de demitir profissionais já contratados para substituí-los por participantes do programa. Os municípios que descumprirem esta regra serão excluídos do programa, com remanejamento dos médicos participantes para outras cidades, e serão submetidos a auditoria do Ministério da Saúde.
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Para assegurar o cumprimento desta regra, o Ministério da Saúde estabeleceu um conjunto de filtros preventivos:
A prefeitura é obrigada a manter a quantidade de médicos na Atenção Básica que já tinha antes da adesão ao programa, sem ocupar estes postos com profissionais remunerados pelo Ministério da Saúde. Ou seja, os profissionais do Mais Médicos só podem ser incluídos para expandir a capacidade de atendimento naquela cidade, formando novas equipes de Atenção Básica ou preenchendo vagas naquelas em que faltava médico. O controle desta trava é feito online no sistema do Cadastro Nacional dos Estabelecimentos de Saúde (CNES), impedindo que o médico participante do projeto seja direcionado a postos que estavam ocupados antes da adesão do município.
Todos os médicos que já estavam cadastrados na Atenção Básica de um determinado município foram impedidos de se inscrever no programa para atuar nesta mesma localidade, o que impede a migração de profissionais para a bolsa do Mais Médicos dentro de uma mesma cidade.
Enquanto participarem do Mais Médicos, os municípios só poderão desligar médicos da Atenção Básica em situações excepcionais justificadas à coordenação nacional do Programa Mais Médicos, como, por exemplo, descumprimento comprovado de carga horária e/ou outra falha ética ou profissional do médico.